--- title: "PC-practicum 3: Project beweeglijkheid diatomeeën" output: html_document author: Vul hier jullie naam in. --- # Filmpje https://www.youtube.com/watch?v=tD3frWtH4uw # Situering Diatomeeën zijn ééncellige eukaryote algen en vormen ongeveer de helft van de mariene primaire voedselproductie. Diatomeeën reproduceren vooral vegetatief. Ze bevatten echter een zeer sterke en rigide silcia wand die de diatomeeën verhindert om in grootte toe te nemen tijdens de vegetatieve celdeling. Hierdoor wordt de diatomee bij elke vegetatieve celdeling kleiner. *Seminavis robusta* is het modelsysteem voor seksuele reproductie bij diatomeeën. Als cellen van *S. robusta* te klein worden voor vegatieve celdeling, scheiden ze feromonen uit als signaal naar andere diatomeeën van het andere geslacht (mating type MT- of MT+) dat ze seksueel actief zijn. Mating type + wordt vervolgens aangetrokken tot mating type - met behulp van nog een ander feromoon (diproline) en er volgt een seksuele voortplanting. Na paring met een cel van het andere geslacht ontstaan opnieuw een grotere cel die vegatief kan delen. # Opdracht Aan de universiteit Gent worden een aantal feromonen bestudeerd die belangrijk zijn bij voorplanten van diatomeeën. Hier wordt onder andere gekeken naar de verandering in bewegingssnelheid van diatomeeën onder invloed van deze feromonen. De onderzoekers hebben op de zeebodem in Oostende één cel van de diatomee *Seminavis robusta* van het mating type MT+ geïsoleerd. Deze cel werd opgegroeid tot een cultuur van vele cellen. Deze cellen werden verdeeld over twee flessen. De ene fles bevat medium dat een feromoon (SIP-) bevat van het tegenovergestelde mating type (MT-). De tweede fles bevat medium zonder feromoon. In elke fles wordt de beweging van 20 cellen gevolgd gedurende 10 seconden en hun gemiddelde snelheid werd gemeten. Het bestandje 'Diatoms_movement_dataset.txt' bevat de snelheden (in $\mu$m/s) en behandeling van deze diatomeeën. De onderzoekers gebruikten een t-test om na te gaan of er een effect is van het feromoon SIP- op de motiliteit van de MT+ diatomeeën. Schrijf een verslag (in Rmarkdown) van ongeveer 1-2 pagina's dat de volgende elementen bevat: - Dataverkenning - Statistische test om de onderzoeksvraag na te gaan - Conclusie Hou bij je antwoorden rekening met het steekproefdesign. Is er een factor in de experimentele opstelling die je conclusie op de biologische vraagstelling kan verstoren? Een aantal belangrijke tips: - Bespreek figuren! Zeg altijd **wat** je ziet op de plot en wat je eruit concludeert. - Doe je een statistische test, ga dan altijd de voorwaarden na, formuleer de nulhypothese en alternatieve hypothese en interpreteer het resultaat **altijd** in functie van je vraagstelling. - Bij gebruik van symbolen ($\mu$, $\sigma$, e.d.) bij het opstellen van hypotheses en/of interpretaties is niet nodig. Doe je het toch, vermeld dan altijd hun betekenis! - Zorg ervoor dat ook je **conclusie volledig** is, ook al moet je daarvoor misschien iets herhalen. # Indienen resultaten Ieder lid van de groep dient binnen de week (ten laatste op op hetzelfde uur als het practicum vandaag gestart is) na het practicum de multiple choice vragen op Minerva in te vullen. Daarenboven dient één groepslid een html-rapport van het Rmd-bestand in op Minerva **met vermelding van de namen van all groepsleden**. Dit bestand wordt automatisch gecontroleerd op plagiaat tussen groepjes. # Data-exploratie ```{r} #Lees de data in dataset <- read.table("Diatoms_movement_dataset.txt", header = TRUE) #Selecteer de snelheden van de behandelde en onbehandelde diatomee?n uit het data frame controle <- dataset$speed[dataset$treat == 'C'] behandeld <- dataset$speed[dataset$treat == 'T'] ``` # Statistische test om de onderzoeksvraag na te gaan # Conclusie